بخش مرجع کتابخانه مرکزی دانشگاه مراغه  با حدود 2000 عنوان منبع فارسی و غیرفارسی  شامل فرهنگ‌نامه‌ها، دایره‌المعارف‌ها و لغت‌نامه‌ها در خدمت مراجعان به این بخش می‌باشد.

استفاده از این بخش برای کلیه دانشجویان دانشگاه  در تمام مقاطع تحصیلی و همچنین مراجعین سایر مراکز برقرار می‌باشد. در این بخش، منابع امانت داده نمی‌شود و مطالعه در محل و بصورت حضوری می‌باشد اما عکسبرداری و کپی از منابع (کپی به تعداد صفحات محدود) امکانپذیر است.
سیستم کتابخانه مرکزی بصورت قفسه باز می‌باشد و کاربران با جستجو در سیستم نرم‌افزاری کتابخانه و راهنمایی کتابداران بخش مرجع و دریافت شماره بازیابی منبع مورد نظر, به منابع دسترسی خواهند داشت.
 بخش مرجع در کنار بخش پایان نامه ها  از شنبه تا چهارشنبه ساعت 8 الی 15:45 آماده پاسخگویی به کاربران می‌باشد.