در این بخش پایان‌نامه‌های دانشجویان فارغ‌التحصیل تحصیلات‌تکمیلی دریافت می‌گردد.

 استفاده از بخش پایان‌نامه‌ها مخصوص دانشجویان تحصیلات‌تکمیلی دانشگاه مراغه، با ارائه کارت دانشجویی می‌باشد. 

 ساعت کار بخش پایان‌نامه، شنبه تا چهارشنبه 8 صبح الي 15:45 مي‌باشد (به جز ساعت ناهار و نماز، 12:30  الی 13:30)

این بخش با حدود 1469 عنوان پایان نامه فارسی و 48 عنوان پایان نامه لاتین در  خدمت مراجعان به این بخش می باشد.
تعداد پایان نامه های چاپی این مجموعه 722 نسخه می باشد که در بخش پایان نامه ها نگه داری می شود.
آرشیو دیجیتالی این منابع نیز در کتابخانه موجود می باشد و ده صفحه اول از هر پایان نامه در سایت کتابخانه در دسترس مراجعان قرار دارد.